Martin Lindner war zunächst 10 Jahre Lehrer für Biologie und Chemie an einem Gymnasium in Schleswig-Holstein, bevor an der Universität Flensburg Biologie und ihre Didaktik unterrichtete. Darauf folgten Stationen am IPN in Kiel (Leibnitz-Institut für die Pädagogik der Naturwissenschaften und Mathematik) und dem SINUS-Programm, einem großen Fortbildungsprogramm für MINT-Lehrkräfte am Bildungsministerium in Kiel. Seit 2010 ist er an der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg für die Didaktik der Biologie und die Fachaufsicht der Didaktik der Geographie berufen. Er ist Initiator und Mitarbeiter zahlreicher internationaler Projekte. Die Forschungsschwerpunkte sind MINT-Bildung und Outdoor-Education.