Werner Winter befasst sich mit der Reinigung spezieller Abwässer, der Trinkwasserbeschaffenheit und dem biochemischen Abbau, beispielsweise von Tensiden. Er lehrte an der Humboldt-Universität Berlin zum Thema Umweltschutz für Lebensmitteltechnologen und war nach 1990 Mitglied der »Fachkommission Soforthilfe Trinkwasser« für die neuen Bundesländer.